Στα 25 χρόνια λειτουργίας του το Ι.Γ.Ι. έχει να παρουσιάσει ικανό ερευνητικό και εκπαιδευτικό – ενημερωτικό έργο στο τομέα του γάλακτος, με ουσιαστική προσφορά στην ελληνική γαλακτοκομία και παραδοσιακή τυροκομία. Μεγάλο μέρος του ερευνητικού έργου έχει δημοσιευθεί σε έγκριτα διεθνή επιστημονικά περιοδικά ή/και έχει παρουσιασθεί σε διεθνή και ελληνικά επιστημονικά συνέδρια (βλέπε δημοσιεύσεις). Ειδικότερα, οι μέχρι σήμερα ερευνητικές δραστηριότητες του Ι.Γ.Ι. έχουν εστιαστεί στα παρακάτω γενικά θέματα - βασικούς άξονες – στόχους έρευνας:

• Μελέτη της χημικής και μικροβιολογικής ποιότητας του νωπού γάλακτος διαφόρων φυλών αιγοπροβάτων της Ηπείρου
• Διερεύνηση-εφαρμογή κατάλληλων μεθόδων και επεξεργασιών για την ανίχνευση διαφόρων κατάλοιπων στο γάλα και τα γαλακτοκομικά προϊόντα
• Tυποποίηση παραδοσιακών  ελληνικών τυριών - Βελτίωση της ποιότητας, υγιεινής και ασφάλειας αυτών με διάφορες κλασσικές ή καινοτόμες μεθόδους
• Παρασκευή νέων προϊόντων με βάση το γάλα – Παρασκευή τυριών μειωμένης περιεκτικότητας σε λίπος και αλάτι
• Παρασκευή γαλακτοκομικών προϊόντων με εφαρμογή σύγχρονων τεχνολογιών
• Προστασία της υγείας των καταναλωτών – Μελέτη της συμπεριφοράς παθογόνων μικροοργανισμών σε ελληνικά παραδοσιακά τυριά Π.Ο.Π. – προσαρμογή ερευνητικών στόχων/ελέγχων σύμφωνα με τον ΕΚ 1441/2007.

Το κύριο μέρος των παραπάνω ερευνητικών δραστηριοτήτων υποστηρίχθηκε από προγράμματα ερευνητικής συνεργασίας του Ι.Γ.Ι. με άλλους φορείς στην Ελλάδα αλλά και στο εξωτερικό, κυρίως διμερείς ή πολυμερείς διακρατικές συνεργασίες σε επίπεδο Ε.Ε.. Συγκεκριμένα, το Ι.Γ.Ι. συνεργάστηκε με το Πανεπιστήμιο Ιωαννίνων (Εργαστήρια Ιατρικής, Πυρηνικής Φυσικής, Βιομηχανικής Χημείας και Χημείας Τροφίμων), το Γεωπονικό Πανεπιστήμιο Αθηνών, το Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης, το Σταθμό Γεωργικής Έρευνας Ιωαννίνων, τη Βιομηχανία Γάλακτος ΔΩΔΩΝΗ Α.Ε., το παραδοσιακό τυροκομείο Αφοι Παππά, το τυροκομείο Καράλης Α.Ε.,  τον Σύνδεσμο Ελληνικών Βιομηχανιών Τροφίμων, αλλά και με ερευνητικά κέντρα σε άλλες χώρες της Ε.Ε., όπως το INRA-Γαλλία, Technical University of Munchen (TUM)-Γερμανία, University of Ljubljana (UL)- Σλοβενία, University degli studi di Bari και το Centro Ricerca Animale (CRA) Italy.

Πηγή χρηματοδότησης των ερευνητικών του προγραμμάτων ήταν το ΕΘ.Ι.ΑΓ.Ε., το Υπουργείο Γεωργίας, η Γενική Γραμματεία Έρευνας και Τεχνολογίας, η ΑΤΕ, EE (FAIR, AIR ) η ΕΟΚ, το ΝΑΤΟ,  διάφορες Βιομηχανίες γάλακτος και τοπική αυτοδιοίκηση.